明朝年间据传明代此处(火宫殿现址)有一座小庙，供奉火神祝融君，俗称火神庙。后因年久失修，朽毁不堪。1577年(明万历五年)火宫殿有一大铁香炉，香炉上标有“明万历五年铸造”等字样，在“文夕大火”中不知去向。
1747年(清乾隆十二年)《长沙府志》十五卷第十页载：“火宫殿在小西门坡子街”。
1826年(清道光六年)客绅蔡世望等倡省城绅商贾重建火神庙，并将其规模扩大。使火宫殿分前坪、后院，前坪包括古牌坊、戏台、火神庙，后院包括财神庙、弥罗阁、普慈阁三个寺庙。形成南通坡子街、东通保安巷、西通三王街的大型庙群格局。根据商家建殿意愿，取《易经》“乾元亨利贞”之义，而名“乾元宫”。古牌坊中门上面，为清代书法家黄自元书的“乾元宫”三字，戏台两边柱上雕刻了—对楹联：“象以虚城，具几多世态人情，好向虚中求实;味于苦出，看千古忠臣孝子，都从苦里回甘。”系清代书法家何绍基撰写。
1852年曾国藩创办的湘勇与绿林军大闹火宫殿。
1871年(清同治十年)《长沙县志》省城图标为“乾元宫”1910年以来火宫殿长期由叶德辉主持，叶德辉系文字版本学家，长沙名人。
1912年8月(民国元年)火宫殿在神庙后坪创办丽泽小学(今火后街小学)，叶德辉任校长。
1927年叶德辉被镇压，由老八董(董事)掌管火宫殿。(“老八董“是：余太华金号、李文玉金号、叶公和酱园及东协盛、西协盛、九芝堂、福芝堂、寿芝堂等药号)
1932年李子泉从国民党部队当兵回来后，向姑母家借了两元银洋作本钱，在火宫殿内煮汤锅、卖卤菜。后经营有方，发展成为火宫殿内最大私营业主，人称“李半边”。
1938年11月13日凌晨3时“文夕”大火，除“乾元宫”牌坊外，火宫殿庙宇和神像付之一炬。庙内明朝万历五年(公元1577年)铸造的大铁香炉在火后不知去向。
1941年市政当局拨款、地方商贾集资再建火宫殿。庙宇内泥塑神像没有恢复，改用一块樟木厚板雕刻了“赤皇上品三火宫殿洞阳大帝南丹纪寿天尊神”的神位。
1941年以来火宫殿由新八董主持。(“新八董”是：詹恒大、詹彦文笔墨铺;杨正泰、杨振兴锡铺;老八和王福鸣铜铺;阜昌参茸号、朱义新金银首饰号。)旧城西区区长程前任董事长，叶德辉的儿子叶尚农任副董事长;设有秘书1人，由李仰贤担任，文书2人，跑庄的1人。下面还有打更的管伙食的勤杂、泥木工等。火宫殿庙产收入的开支用于小学、救火会、祭祀3部分。
1942年经神庙主事人与商贩协议，由小商贩在神殿前二千二百平方米的空坪里建造简陋木架棚屋48间，分成四线，名日“东成”、“西就”、“南通”、“北达”。
1956年公私合营，火宫殿改为国营饮食店。
1958年6月由政府房地部门投资新建剥壳式房屋一栋，占地312平方米。
1959年由政府部门拨款建造民族式房屋一栋，有楼地两层，占地520平方米。
1966年9月“文革”期间，火宫殿古牌楼上的浮雕被作为“四旧”被扫除，数百年古迹惨遭破坏。
1984年火宫殿进行了解放以来第二次规模较大的翻修改造，主楼改建成厅、楼、亭、阁式的仿古建筑。更名为“火宫殿酒家”。
1993、1994年火宫殿进行了第三次规模较大翻修改造，在主楼西、北两侧建起了裙楼在南侧兴建了一座七层古典式建筑，解决了企业无停车场和营业厅面积过小等问题。
1995年4月火宫殿成功的开办东塘分店。1998年9月成立五一分店。
2001年5月-2002年元月火宫殿在市政府的大力支持下，火宫殿进行了有史以来最大规模的改扩建工程(火宫殿历史中第六次修建)。恢复了火神庙、火宫茶馆，修饰了古牌坊，新建了西栋美食街、宴会楼、石坊、水池凉亭。改扩后的火宫殿环境优美，古香古色，风味小吃，物美价廉，形成中国南方独特“火庙文化”的现象。
2002年2月4日火宫殿改扩后重新开业，举行盛大的开业典礼，省、市领导、宗教界人士、市民近千人参加了庆典活动。
2003年，成立火宫殿食品配送中心。
2006年，成立火宫殿食品分公司。是年，火宫殿总店再次进行改扩，拆除东栋宫殿式建筑，重建古戏台，并斥资租购“火神舫”三、四楼作宴会厅、包厢，经营湘菜。
2006年，火宫殿再次被国家商务部认定为“中华老字号”。
2008年，“火宫殿庙会”被列入国家级非物质文化遗产名录。
2009年，“长沙火宫殿传统小吃”被湖南省列入省级非物质文化遗产名录。
2008年，回购原火后街小学地盘，并于2013年元旦破土动工修建火宫殿湘菜首府大楼，进一步扩充火宫殿总店经营规模。
2014年春节，火宫殿湘菜首府竣工并开张营业，主营传统湘菜、精品湘菜、经典小吃。同年，火宫殿小吃王国也重新进行装修，为满足年轻群体消费，开辟二楼为小吃自选区。成立火宫殿特产超市。新建火宫殿红火街、金砖照壁和火宫殿非物质文化遗产展览馆。
2016年1月，火宫殿小吃王国三楼重新装修完成，自选餐厅焕然一新。
2017年6月，火宫殿小吃王国四楼重新装修完成，21个包厢和1个大型宴会厅开门迎客。
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